Поклонники серии Persona, ожидающие выхода Persona 3 Reload, были разочарованы, узнав, что возможность играть за главную героиню женского пола из Persona 3 Portable (P3P) в ремейке будет недоступна. В интервью IGN продюсер игры Рёта Ниицума объяснил, что это решение объясняется тем, что целью ремейка является воссоздание оригинальной Persona 3, исключая дополнительный контент из таких расширенных версий, как Persona 3 FES и P3P. А главный режиссер Кадзухиса Вада подчеркнул:
Итак, основная концепция воссоздания истории Persona заключалась в том, что мы хотели сохранить все из оригинальной версии, но обновить это до наших дней.
Хотя отсутствие главной героини P3P разочаровало некоторых фанатов, команда разработчиков осознанно сделала ставку на точное воссоздание оригинальной игры, внедрив при этом современные улучшения.